工藤新一是一位著名的高中生侦探。在一次追查犯罪团伙的过程中，他不幸被击晕并服下神奇的药水，导致他变成了一个小孩。为了保护自己，他决定隐姓埋名，暗中追查犯罪团伙并寻找解药。他的女友毛利兰曾前往阿笠博士家寻找他的下落，但被新一编造的假名字所蒙蔽。此后，新一寄居在小兰家，并与小兰的父亲毛利小五郎一起办案，追查犯罪团伙的下落。此外，柯南在小学时期结识了步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探队，向罪犯宣战！为了完成任务，阿笠博士为他制造了许多间谍武器。