在犯罪和恐惧不断蔓延的城市里，史莱德和他所率领的邪恶大脚帮把警方和政客牢牢控制在魔掌中，未来的前景更是一片黑暗，直到离群索居的四位忍者神龟兄弟挺身而出。他们在一场变调的科学实验中存活了下来，从下水道崛起并承担使命，成为戴着面具的终极正义使者。面对史莱德想要支配整座城市的残酷计划，忍者神龟将和勇敢无惧的女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）以及爱耍嘴皮的摄影师弗恩（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰）通力合作，拯救纽约市民。