看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——