前任院长蛭间重胜（西田敏行饰）被赶走一年后，东帝大学医院诞生了第一位女性院长，她提出“患者优先”的口号，开始进行大刀阔斧的开革，清除医局的腐败。但是盘踞在医院的当权者们为了夺回自己的利益，复兴以绝对权力和森严等级统驭的“黑色巨塔”，开始暗中活动。左迁至东帝大学医院知床分院的蛭间重胜也蠢蠢欲动。天才的外科医生大门未知子（米仓凉子饰）与被污染的医疗组织展开正面对决 。